В фондах музея сохранились документы об эвакуации музейных ценностей в 1941 году и работе музея в период оккупации в 1942-1944 гг. Во время Великой Отечественной войны в 1941 году часть коллекции была эвакуирована на Кавказ и вернулась назад после освобождения Феодосии.